Лаконичные определения проточной цитометрии и областей её применения в википедии
Пожалуй, наиболее важный из зарубежных сайтов, содержит массу информации, включая видеолекции: http://www.cyto.purdue.edu/
Molecular Probes: The Handbook - Замечательная монография о флуоресцентных маркерах (большая часть которых применяется и в проточной цитометрии). Структура монографии очень информативна - главы отражают те задачи, которые можно решать с помощью флуоресцентных маркеров: http://www.invitrogen.com/site/us/en/home/References/Molecular-Probes-The-Handbook.html
Оптика биологических систем - лекция д. ф.-м. н., зав. каф. биомедицинской физики НГУ (Институт химической кинетики и горения СО РАН) Мальцева В.П. http://psj.nsu.ru/lector/maltsev/